Há provavelmente outro processo em execução que está bloqueando ou há um arquivo que está bloqueando isso, como um arquivo de bloqueio.
Em um terminal, você pode tentar iniciá-lo manualmente para ver o que está acontecendo.
$ gnome-weather
Se você não vê nada específico usando esse método, então você precisa começar a rastreá-lo. Eu normalmente faço assim:
$ strace -s 2000 gnome-weather
A depuração com strace
pode ser um pouco assustadora, portanto, comece examinando o diretório /home
para ver se há um arquivo bloqueando-o.
$ strace -s 2000 gnome-weather |& grep -E open | grep -i /home
Em seguida, veja /etc
& outros diretórios para ver se ele está pendurado em qualquer acesso de arquivo específico (leitura / gravação).