Esta será uma solução muito fácil, ou pelo menos vamos esperar que isso aconteça. Como esses arquivos parecem estar "bloqueados", pode ser um erro de permissão, por isso, faça o seguinte. Em um terminal (ou nautilus), navegue até /usr/share/applications :
cd /usr/share/applications
Em seguida, execute ls ou procure a pasta desejada do programa. Depois de ter essa pasta, procure onde o ícone está armazenado. Eu irei referenciar um programa fictício para este tutorial.
Digamos que meu programa seja chamado de "fictício" e o ícone esteja em /usr/share/applications/dummy.desktop . Abra o arquivo da área de trabalho e role para baixo até onde o ícone está armazenado, por exemplo:
/home/users/blah/blah/icon.png
Desvie user do seu nome no terminal quando você executar o seguinte como root:
sudo chown -R user:user
E o ícone será salvo em suas permissões. Então reinicie e você estará pronto. Outra coisa que você poderia tentar se isso não funcionasse é lançar os programas como root. Se o programa tiver um aspecto Terminal (irá explicar) use isso. Caso contrário, consulte aqui . Um aspecto terminal significa que o referido programa pode ser iniciado a partir do terminal, por exemplo:
update-manager
Será aberto o aplicativo gerenciador de atualização, então eu testaria para ver se OwnCloud, Clementine ou Seafile têm esses aspectos. Se o fizerem, por exemplo:
clementine
Basta executá-lo como root:
sudo clementine
Se isso não funcionar, avise-me e eu pesquisarei um pouco mais.