Com a exportação de LD_LIBRARY_PATH no seu .bashrc , você está adicionando um novo caminho de pesquisa para as bibliotecas que têm precedência.
O problema agora é que gedit também espera a biblioteca libstdc++.so.6 que é selecionada no diretório de instalação do Matlab. Obviamente, a biblioteca tem o mesmo nome, mas não corresponde à gedit esperada.
Para se livrar do seu problema, você deve remover esse material específico do Matlab do seu .bashrc e talvez escrever um script wrapper para iniciar o Matlab:
$ cat matlab.script
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v901/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v901/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v901/sys/os/glnxa64:
<path-to-matlab-binary>
Como você mencionou para usar o SDK, não tenho certeza se você precisa que em bash você apenas carregue o LD_LIBRARY_PATH para o Matlab quando necessário. Você também pode querer dar uma olhada em environment-modules , que é um programa auxiliar para configurar diferentes ferramentas de desenvolvimento e seus patches necessários e acompanhar a bagunça.