O diretório /var/spool/cron contém os crontabs pessoais do usuário. Esses dados são de natureza muito diferente dos arquivos de configuração de todo o sistema em /etc . Permitir que etckeeper lidasse com isso seria como monitorar todos os arquivos .bashrc dos usuários e enviar alterações para um VCS, o que parece um pouco intrusivo.
Os arquivos crontab do sistema são armazenados em /etc , então, por padrão, eles seriam manipulados por etckeeper .