Dado o seu exemplo acima, se você pode ter certeza de que há sempre 6 diretórios, você pode trocar os dois últimos fazendo algo assim:
find stats -mindepth 5 -maxdepth 5 -type d \ # (Or some other way of generating your list of directories)
| while read dir
do
mv -v "$dir" "$(echo $dir | awk -F '/' '{ print $1"/"$2"/"$3"/"$4"/"$6"/"$5 }')"
done
Jogue um echo na frente de mv para verificá-lo primeiro.
Se você não puder contar com o número de diretórios, tenho certeza de que há uma maneira mais genérica de simplesmente "trocar os dois últimos", mas não sei de cima para o alto.