Portanto, a melhor maneira que encontrei é ter um usuário com acesso sudo somente para esse comando e usar --rsync-path='sudo rsync'
. por exemplo:
rsync -avz -e 'ssh -l rsync -i /home/rsync/.ssh/rsync -o StrictHostKeyChecking=no' /path/ --rsync-path='sudo rsync' [email protected]:/path/