Uma possibilidade é o Caliber .
É um programa de gerenciamento de e-books que permite a conversão para vários formatos de e-books, mas é multi-plataforma e pode gerenciar bancos de dados de arquivos pdf (e não apenas).
Se você decidir instalar, sugiro que você faça isso manualmente, pois a versão do repositório não está muito atualizada. Siga as instruções no site.
Uma captura de tela:
Outra possibilidade é Zotero
É um gerenciador de bibliografia, mas permite adicionar detalhes de livros diretamente por meio de um navegador Amazon.com e outros sites, anexos em pdf e muito mais.
Para importar os pdf's para o Zotero, você pode ver esta página .