Se a janela for excluída e recriada, o gerenciador de janelas (gnome) perderá a configuração. Isso acontece comigo com janelas de bate-papo pidgin se eu alguma vez as fechar. Eu não sei se o eclipse faz isso em grandes transições de estado (edit- > build), mas observe se a ordem de tabulação do gnome muda, ou se a janela desaparece completamente por um momento.
Eu realmente gostaria de poder associar configurações como esta com nomes de janelas, como o ctwm poderia.