Quando você diz os drivers mais recentes da NVIDIA, você quer dizer nvidia-367 ou nvidia-370 ? Porque o 370 esclareceu vários problemas gráficos para mim, embora 367 fosse a versão recomendada. Além disso, esta questão é realmente dependente dos drivers. Você pode encontrar maior compatibilidade atualizando o kernel, mas isso também poderia causar problemas com outros aplicativos específicos do elementar (e alguns ... são instáveis em primeiro lugar).
Se você quiser ficar com o Elementary, definitivamente vale a pena se atualizar do antigo Freya 0.3 (que é mal suportado agora) para o Loki 0.4 (que saiu no começo deste ano). O Elementary não tem uma opção de atualização, então você está com uma nova instalação.
Se você quiser testar se é o kernel, tente sideload outro sistema operacional que usa o kernel 4.8, como o Ubuntu mais recente (Yakkety 16.10). (O Loki usa o kernel 4.4 e o Freya é ainda mais antigo.) Mas eu testaria os drivers mais recentes da NVIDIA em sua configuração atual primeiro. É mais provável que seja resolvido em uma atualização do que em trocar seu cartão.