Leia o manual do shell para descobrir como configurar o histórico de linha de comando persistente.
Na maioria dos shells, isso é feito configurando a variável do shell HISTFILE para o nome de um arquivo. Por exemplo:
HISTFILE="$HOME/.shell_history"
O Bash usa ~/.bash_history como o arquivo de histórico padrão, ksh93 não tem padrão (de acordo com o manual) nem zsh .
O manual zsh tem seções longo em várias opções e variáveis que influenciam como e quando o histórico da linha de comando é salvo e usado, mas o bit mais importante é garantir que HISTFILE está definido para um nome de arquivo.
Pergunta relacionada: Histórico de comandos no Zsh