A forma como você configurou não há qualquer diferença funcional. É como se você nunca tivesse criado o root subvolume porque você o tornou o padrão. Não é a maneira como a maioria das pessoas que está tentando aproveitar ao máximo a abstração do subvolume faria isso, mas é perfeitamente aceitável. Eu pessoalmente prefiro a separação extensiva por causa dos backups incrivelmente fáceis e poderosos pelos quais o btrfs é conhecido e sem alterar o subvolume padrão.
No entanto, todos os subvolumes são pastas para a maioria das intenções e finalidades. A diferença é que você pode montá-los com mount como um sistema de arquivos sem a necessidade de bind se você não quiser. Pelo que entendi, todo utilitário "normal" (como o cp que você mencionou) irá tratá-lo como uma pasta regular, independentemente de como você montá-lo, exceto as ferramentas específicas do btrfs, obviamente. Pode haver algumas exceções, mas não me lembro de nenhum teste completo. Eu convido alguém a me corrigir nisso.