Desde o Fedora 11, o setroubleshootd não está em execução em segundo plano:
setroubleshootd is now a dbus service. It is supposed to be started when and AVC arrives or you start the sealert browser. It dies 10 seconds after the last connection/AVC arrival.
Se você não receber notificações na área de trabalho, pode haver outro problema além do setroubleshootd não estar sendo executado o tempo todo.