Eu fiz a pergunta na lista de discussão do ayatana e recebi uma resposta de Ted Gould:
Infelizmente isso não é possível hoje. Tem sido nossa intenção suporta itens de menu personalizados no dbusmenu para que você possa fazer qualquer coisa que seu aplicativo necessário para o seu indicador de aplicativo (incluindo o uso de IDO), mas Ainda não encontrei tempo para concluí-lo: - /
Portanto, a resposta pode ser encerrada.
EDIT: No caso de alguém ter mais interesse no projeto, eles poderiam tentar entrar em contato com Ted para ver como eles poderiam ajudar.