Alguns dos meus aplicativos (como Insync e Viber) não mostram ícones na bandeja de mensagens (GNOME, Fedora 21). Eu posso interagir com eles através de cliques do mouse, mas sem ícones é difícil dizer se os arquivos estão sincronizados e se tenho novas mensagens.
Vejo que os ícones PNG do Insync estão presentes em /usr/share/icons/Adwaita/xx/status
Eu também tentei a extensão Topicons para o GNOME, mas não tive sorte.
Atualização 1
Eu resolvi o problema com o Insync desinstalando a extensão insync-nautilus.