Ok, eu percebi isso sozinho.
O ZFS Loader não permite definir um pool raiz para inicializar, mas tenta adivinhar o correto agrupando o BIOS para a ordem de prioridade de inicialização.
Para fazer com que ele inicialize a partir do pool correto, configurei como primeiro dispositivo de inicialização na BIOS a unidade que contém o carregador de inicialização e como segundo e terceiro as unidades pertencentes ao pool espelhado raiz.