Não tenho certeza se isso ainda é interessante para você, dado o tempo passado desde que você postou essa pergunta, mas no caso: O módulo pbkdf2 suporta isso. No entanto, AFAIK, isso não está incluído no Debian, mas você mesmo pode construí-lo.
Estou procurando uma maneira de alterar o esquema de hash em meu sistema operacional baseado em Debian de sha512 para pbkdf2 .
Pesquisar na internet não ajudou muito. O mais próximo que eu tenho é essa pergunta: Ativar suporte a Hash baseado em Blowfish para a cripta
No entanto, como pbkdf2 não é baseado no Blowfish, estou de volta à estaca zero.
Não tenho certeza se isso ainda é interessante para você, dado o tempo passado desde que você postou essa pergunta, mas no caso: O módulo pbkdf2 suporta isso. No entanto, AFAIK, isso não está incluído no Debian, mas você mesmo pode construí-lo.