Não conheço nenhum método que permita selecionar uma região usando apenas o teclado.
Você pode usar o método a seguir para obter uma captura de tela por meio da linha de comando, especificando uma região. Por exemplo, se você quiser obter uma região com 400 x 200 da janela ativa, use este comando:
$ import -window "$(xdotool getwindowfocus)" -crop 400x200+0+0 \
+repage image1.png