Você tem certeza de que, ao criar a unidade USB inicializável, você selecionou a opção UEFI? Se não, você pode usar o Rufus (que infelizmente funciona apenas no Windows) para criar sua unidade usb inicializável com o Ubuntu 16.04 iso e especificar que é uma unidade inicializável UEFI e não a antiga unidade de inicialização do BIOS. Este é o link para download do rufus Link e this é um breve tutorial para usar o Rufus (lembre-se de selecionar o campo" Esquema de partição e tipo de sistema de destino "para UEFI e não BIOS)
PS Se você criar a unidade de inicialização usb com o modo não-UEFI, o pendrive funcionará somente no legado.