Se você sabe que este campo começa com \n em todos os registros, você pode usar sed da seguinte forma:
sed "N;s/|\n/|/"
para se livrar da nova linha. Observe que, como sed usa \n como delimitadores de linha, você primeiro precisa unir a linha seguinte à processada (o comando N ), durante esse processo sed insere o caractere de nova linha entre as linhas unidas.
Se este problema surgir aleatoriamente (não em todos os registros), você terá que recorrer a uma ferramenta mais strong para analisar o conteúdo do arquivo - basicamente, você precisa contar os campos. O awk ou perl pode fazer o truque elegantemente (acho que isso pode ser feito em sed bem como o, mas você provavelmente não quer ir nessa direção ).