Pode haver uma solução GNOME-Keyring (combinada com Synaptic) para isso, mas uma vez que incluiria um ambiente gráfico de usuário (o que seu servidor SQL provavelmente não possui), mas: que tal adicionar um usuário? para o banco de dados do usuário que o proxy verifica em especialmente para esse propósito ?
No entanto, também pode ser uma solução para adicionar o servidor SQL a um tipo de sub-rede DMZ, ou seja, servidores que devem ter permissão para acessar a Internet sem o proxy. (Tentei usar FTP , btw?)
(Se você não é responsável por contas de usuários, descrever seu problema para os responsáveis provavelmente fará com que eles concordem que um novo usuário é necessário para isso.)