Com um awk
compatível com POSIX:
awk -F, -v OFS=, '{sub(/.{6}$/, OFS "&", $2); print}'
Com um sed
compatível com POSIX:
sed 's/^\([^,]*,[^,]*\)\([^,]\{6\}\)/,/'
Eles modificam as linhas apenas se o segundo campo tiver pelo menos 6 caracteres (note que ele vai mudar felizmente o 111,123456,333
para 111,,123456,333
deixando o segundo campo vazio).