Eu finalmente encontrei o melhor método para eu iniciar o Kali sem reinstalar o Grub no meu HDD. Para isso eu usei unetbootin e SuperGrub ( Faça o download aqui )
- Primeiro instale o unetbootin:
sudo apt-get install unetbootin
- Em seguida, renomeie o supergrub .iso para .img (usando .iso me deu booterrors) e inicie o unetbootin.
- No unetbootin, selecione o método de disquete e carregue o arquivo .img renomeado.
- Selecione a unidade USB e pressione OK.
- Agora use o stick para inicializar qualquer sistema operacional no seu HDD.
Eu usei o stick USB no meu laptop e carreguei no Supergrub e encontrei todos os sistemas operacionais que estão instalados no disco rígido. Funcionou muito bem. Desta forma eu posso manter o Windows como sistema operacional principal e sempre inicializar diretamente nele e sempre que eu quiser usar o Kali eu apenas estalo na minha unidade USB e uso Supergrub.