Eu não penso assim. Significa apenas que a CPU está superaquecendo. E a construção de um programa enorme provavelmente é a causa (suponho que, depois que a compilação terminar, as coisas voltem ao normal e, se você repetir a compilação, a mensagem apareça novamente).
Você pode querer verificar o resfriamento do sistema (por exemplo, ventiladores, poeira), como a mensagem sugere.