Supondo que você queira manter o arquivo no formato DOS (finais de linha CRLF), podemos trapacear; remova all os CR's e adicione-os novamente no final da linha.
Então
tr -d '5' < srcfile | unix2dos > newfile
EDIT para descrição detalhada:
O
tr -d '5'
removerá todos dos caracteres de controle-M do arquivo. -d
to tr
significa "delete" e '5'
é o caractere de controle-M no formato octal.
O
unix2dos
converterá qualquer caractere LF (linefeed; control-J;) em CRLF inserindo um CR (control-M) antes do caractere LF; isso converte um arquivo de texto de formato unix em um arquivo de texto no formato DOS.
Coloque os dois juntos e apagamos todos os rogue ^ M's e garantimos que os únicos estejam no final de cada linha.