Não, um diretório bin não é para armazenar apenas arquivos binários. É para manter arquivos executáveis , principalmente.
Um script executável é um arquivo de texto, interpretado por um intérprete. O script no seu exemplo é um script Python. Quando você executá-lo, o interpretador python (que é outro arquivo executável em algum lugar no seu $PATH ) será usado para executá-lo.
Além disso, como um aparte, um arquivo de texto é tanto um arquivo composto de zeros e uns como um arquivo binário.