O arquivo foi movido para o diretório pai atual daquele em que você estava, em vez do diretório pai do symlink que você seguiu para chegar lá. Por padrão, cd se comporta de maneira diferente de ls ou mv ao encontrar .. . O cd apenas sobe no caminho, efetivamente invertendo os links simbólicos, enquanto os outros vão para o pai real do diretório em que estão, independentemente de como você chegou lá.
Imagine uma árvore de diretórios como essa ( ~ é o diretório inicial e shortcut é um link simbólico para maindir/subdir ):
~
├── maindir/
│ └── subdir/
│ └── file.txt
└── shortcut -> maindir/subdir/
Se você simplesmente cd a ~/shortcut , então ls mostrará file.txt e pwd mostrará ~/shortcut . No entanto , enquanto a saída de pwd está correta de acordo com o symlink que você seguiu para chegar lá, você está realmente ("fisicamente", se quiser) em ~/maindir/subdir . ls e mv estão cientes disso, então mv file.txt .. moverá file.txt para o diretório pai real: ~/maindir , em vez de ~ conforme o esperado.
Você pode fazer com que cd se comporte como os outros usando a opção -P . Portanto, se você estiver no diretório em que originalmente executou o comando mv de ( ~/shortcut ) e executar cd -P .. , ele será direcionado para o diretório pai real (por exemplo, ~/maindir ), e você poderá encontrar file.txt lá com um simples ls file.txt . (Você também pode acessar o diretório atual com cd -P . .)