Você não tem permissão para fazer login na área de trabalho como root por padrão.
Veja Habilitando o usuário root para o GNOME Display Manager , que diz:
- Faça login como usuário comum, abra um terminal e execute o
su -c 'gedit /etc/pam.d/gdm-password'
- Alterar
auth required pam_succeed_if.so user != root quiet
para# auth required pam_succeed_if.so user != root quiet
- Salve o arquivo
Veja também Login raiz do GDM .