Você remove um arquivo desvinculando-o para o diretório em que ele é referenciado (um arquivo também pode ser referenciado em mais de um diretório ou várias vezes (com nomes diferentes) em um diretório nós geralmente chamamos hard links).
As permissões importantes não são do arquivo, mas do diretório ao qual ele está vinculado.
Então, se você colocá-lo em um diretório, não terá acesso de gravação a:
mkdir important-files
echo test > important-files/myfile
chmod a-w important-files # make the directory not writable
Então, você não poderá excluir myfile
, mas ainda poderá modificar o arquivo, desde que seja gravável.