O rsync não usa nenhum arquivo invisível para lembrar o que ele / ela não copiou. Cada vez que você executa um comando rsync, ele verifica a origem em relação ao destino (de acordo com as opções especificadas na sua linha de comando rsync) e copia os arquivos adequadamente.
Se você quiser ignorar / não copiar arquivos / pastas explicitamente, pode usar a opção - excluir (e relacionada) para fazer isso. Verifique a página de manual do rsync para saber detalhes do que está disponível.