Salve a lista de saídas de eco em .txt

Question

Estou tendo muitos problemas no trabalho tentando salvar uma longa lista de saídas de eco como um arquivo .txt na minha área de trabalho. Eu estou usando o Bash no Yosemite 10.10.4. Eu ainda sou muito novo no Bash, então qualquer ajuda e dicas são bem-vindas.

O objetivo é imprimir o nome do protocolo usado por varredura do cérebro, para uma longa lista de varreduras cerebrais. Eu usei um loop para percorrer recursivamente cada varredura do cérebro, puxe o protocolo usado, depois faça eco e o caminho para o arquivo exato usado para adquirir essa informação.

Meu script:

for i in /Path/to/scans/
do

for file in "$i/"001*/0001.dcm
do

# If there is no such file here, just skip this scan.
if [ ! -f "$file" ]
then
echo "Skipping $i, no 0001.dcm file here" >&2
continue
fi

# Otherwise take the protocol data from scan out
line= dcmdump +P 0040,0254 0001.dcm 
## dcmdump is the command line tool needed to pull out this data. 
## In my case I am saving to variable "line" the protocol used in 
## the scan that this single 0001.dcm file belongs to (scans require 
## many .dcm files but each one contains this kind of meta-data).

# Print the result
echo "$line $file"

break
done
done

Então, esse script quase funciona. Na minha janela do Terminal, eu recebo uma longa lista de protocolos usados e o caminho de arquivo absoluto para o arquivo 0001.dcm usado para cada varredura.

Meu problema é, quando eu mudo para

echo "$line $file" >> /Users/me/Desktop/scanparametersoutput.txt

O arquivo de texto que aparece na minha área de trabalho está em branco. Alguém tem alguma ideia sobre o que estou fazendo errado?

    

Answer 1

Um problema que você está tendo com seu script está nesta linha:

line= dcmdump +P 0040,0254 0001.dcm

Em vez de atribuir a saída de dcmdump a line , ele está executando o comando dcmdump com uma variável de ambiente chamada line set to '' . Você pode ler mais sobre isso aqui .

Então, o que você está realmente vendo é a saída de dcmdump sendo executada pelo seu script, não a saída de $line , já que $line não está sendo atribuído a nada.

Para capturar a saída de um programa, use a sintaxe

line=$(dcmdump +P 0040,0254 0001.dcm)

(Observe também que não há espaço antes ou depois do sinal = ser seguro.)

$() executa o código dentro dos parênteses em um subshell e, em seguida, "substitui" a si mesmo por aquela saída desse código.

Você provavelmente quer que 0001.dcm dentro do comando dcmdump seja $file , mas não estou familiarizado com isso, então deixarei isso para você.

    

Answer 2

Como rmelcer mencionou, a variável line não está sendo definida e parece que o dcmdump não está sendo executado no arquivo correto:

line=$(dcmdump +P 0040,0254 "$file")

A configuração e a estrutura do script parecem um pouco mais complexas do que precisam ser.

O loop path externo não faz um loop, mas isso pode ser apenas para o seu exemplo?

É improvável que seu teste de arquivo falhe, a menos que você tenha diretórios chamados 0001.dcm, conforme procura especificamente por 0001.dcm no loop for .

for path in /Path/to/scans/; do
  for file in "$path/"001*/0001.dcm; do

    # If there is no such file here, just skip this scan.
    if [ ! -f "$file" ]; then
      echo "Skipping $file, no 0001.dcm file here" >&2
      continue
    fi

    # Otherwise take the protocol data from scan out
    line=$(dcmdump +P 0040,0254 "$file") 

    # Print the result
    echo "$line $file"

  done
done

Se você conseguir lidar com o nome do arquivo em primeiro lugar na sua saída, isso pode ser um pouco mais simples usando find :

find /Path/to/scans/001* \
  -name 0001.dcm \
  -type f \
  -printf "%p " -exec dcmdump +P 0040,0254 {} + \
| tee /Users/me/Desktop/scanparametersoutput.txt

Isso exibe em /Path/to/scans/001* os arquivos ( -type f ) chamados 0001.dcm ( -name 0001.dcm ), imprime o caminho completo para o arquivo ( -printf "%p " ) e executa o comando dcmdump no arquivo ( -exec xxx {} + ).

A saída do comando find é então canalizada para tee , que é impressa na tela e também para o arquivo especificado ( /Users/me/Desktop/scanparametersoutput.txt )