A única maneira correta é criar links em /usr/bin ou /usr/local/bin como você descreveu. Porque nessas pastas em /opt/toolname normalmente há muitos outros arquivos, não apenas executáveis. Eu ficaria sujo. De qualquer forma, adicionar /opt/*/ à variável $PATH não funcionaria.
Se você tem uma lista dos caminhos completos para esses binários, você pode gerar os links de maneira prática.