A única maneira correta é criar links em /usr/bin
ou /usr/local/bin
como você descreveu. Porque nessas pastas em /opt/toolname
normalmente há muitos outros arquivos, não apenas executáveis. Eu ficaria sujo. De qualquer forma, adicionar /opt/*/
à variável $PATH
não funcionaria.
Se você tem uma lista dos caminhos completos para esses binários, você pode gerar os links de maneira prática.