Se tudo o que você precisa fazer é gravar a configuração em um arquivo, o seguinte seria mais legível e eliminaria a necessidade de uma variável:
cat >/etc/apache2/sites-available/"$fulldomain".conf <<END_CONFIG
<VirtualHost *:80>
ServerName '$fulldomain'
DocumentRoot '$fullpath'
</VirtualHost>
END_CONFIG
Se você precisa absolutamente da coisa em uma variável:
conf=$(cat <<END_CONFIG
<VirtualHost *:80>
ServerName '$fulldomain'
DocumentRoot '$fullpath'
</VirtualHost>
END_CONFIG
)
echo "$conf" >/etc/apache2/sites-available/"$fulldomain".conf