grep -v Prototype | grep 'plist$'
é provavelmente tão bom quanto possível. Você poderia fazer isso com um comando com sed ou awk (ou com extensões não padrão para grep , como outras pessoas já mostraram):
sed '/Prototype/d;/plist$/!d'
Ou
awk '/plist$/ && ! /Prototype/'
Mas isso não necessariamente será mais eficiente.