Uma solução Perl
direta:
$ perl -lne '
if(/^>/) {printf "%s ", $_;next}
if(/^$/) {printf "\n";next}
printf "%s", $_;
' file
>Country1 Australia
>Country5 Switzerland
>Country2 Netherlands
ou um caminho mais curto:
$ perl -ane 'BEGIN{$/="";};print "$F[0] ",@F[1..$#F],"\n"' file
>Country1 Australia
>Country5 Switzerland
>Country2 Netherlands
Defina $/
como cadeia vazia, o que faz com que o Perl mude para o modo de parágrafo, o que significa que o separador de registro é uma ou mais linhas em branco.