Esse comando pega cada caminho e o trunca para n pastas profundas (definido na seção \{0,n\} do comando sed e na seção {0,n} do comando grep). É então canalizado para uniq para filtrar as duplicatas.
rsync -nPaAXz src_dir dst_dir | sed -n 's@^\(\([^/][^/]*/\)\{0,2\}\).*@@p' | uniq
A mesma coisa também pode ser obtida usando grep :
rsync -nPaAXz src_dir dst_dir | grep -oE "^([^/]+/){0,2}"
Embora o acima não funcione com GNU grep versions < 2.5.3 devido a um bug .