Posso usar o seq para ir de 001 a 999?
Sim, usando o parâmetro -w :
-w
-w, --equal-width equalize width by padding with leading zeroes
por exemplo,
seq -w 0 999
dá
000 001 ... 999
Isso funcionará em qualquer shell em uma máquina que tenha coreutils instalados:
seq -w 1 10 e seq -w 1 100
seq -w 1 10
seq -w 1 100
Fonte: link
Tags bash seq