Atualizar um pacote não é o mesmo que remover e depois instalá-lo. A atualização cuida para minimizar o tempo durante o qual o pacote não está totalmente operacional, ao passo que a remoção e a instalação deixam uma janela durante a qual nenhum dos arquivos do pacote está presente. Além disso, eles não executam os mesmos scripts do mantenedor: o upgrade executa os scripts do mantenedor (antigo prerm , novo preinst , antigo postrm , novo postinst ) com a ação upgrade , ao passo que removê-lo a reinstalação executa o antigo prerm remove , antigo postrm remove , novo preinst install , novo postinst configure . Veja o manual de políticas do Debian para detalhes, ou o wiki para diagramas.
Se você estiver fazendo pacotes deb e quiser fazer algo especial em uma atualização, faça isso para a ação upgrade do script do mantenedor relevante (geralmente postinst para atualizar os arquivos de configuração e reiniciar os daemons).