De acordo com a documentação para dnf clean :
Performs cleanup of temporary files kept for repositories. This includes any such data left behind from disabled or removed repositories as well as for different distribution release versions.
dnf clean dbcacheRemoves cache files generated from the repository metadata. This forces DNF to regenerate the cache files the next time it is run.
dnf clean expire-cacheMarks the repository metadata expired. DNF will re-validate the cache for each repo the next time it is used.
dnf clean metadataRemoves repository metadata. Those are the files which DNF uses to determine the remote availability of packages. Using this option will make DNF download all the metadata the next time it is run.
dnf clean packagesRemoves any cached packages from the system.
dnf clean allDoes all of the above.
Então, se dnf clean all não limpou, então não faz parte do cache do dnf. O cache dnf vive em /var/cache/dnf ; /var/cache/yum pode ser deixado de uma versão anterior do Fedora (antes da atualização do yum para o dnf), e você pode quase certamente remover os arquivos desse diretório com segurança.