Sempre que você se conectar a um host desconhecido, o ssh perguntará a você
The authenticity of host '...' can't be established.
RSA key fingerprint is ...
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)?
e adicione uma nova entrada ao arquivo known_hosts
file.
Então, para regenerar o arquivo, conecte-se aos seus hosts habituais e, opcionalmente, verifique a impressão digital, se você suspeitar de um MITM.