me desculpe se isso não está no lugar correto (ou seja, responder a minha própria pergunta com uma atualização, mas foi muito longo para um "comentário", e eu não queria editar a resposta anterior, anywhoo aqui vamos nós. ..
Obrigado pela sua resposta.
Primeiro tentei usar o sudo como recomendado, mas obtive permissão negada. Em seguida, foi capaz de cd até o diretório "/ var / lib / apt / lists /", mas não mais.
Então, usando "su", eu pude acessar o diretório "partial" e rodar "rm ./*", limpando o conteúdo.
Executando novamente o "apt-get update" (como root ... sigh *) primeiro me deu
Ign:13 http://security.debian.org stretch/updates/non-free Translation-en
Hit:12 http://security.debian.org stretch/updates/non-free amd64 Packages
Err:13 http://security.debian.org stretch/updates/non-free Translation-en
BZ2_bzread: /var/lib/apt/lists/partial/security.debian.org_dists_stretch_updates_non-free_i18n_Translation-en.bz2 Read error (-5: DATA_ERROR_MAGIC)
Ign:14 tor+http://zcaptnv5ljsxpnjt.onion jessie InRelease
Hit:15 tor+http://zcaptnv5ljsxpnjt.onion jessie Release
Fetched 295 kB in 2s (130 kB/s)
Reading package lists... Done
E: Failed to fetch http://security.debian.org/dists/stretch/updates/non-free/i18n/Translation-en BZ2_bzread: /var/lib/apt/lists/partial/security.debian.org_dists_stretch_updates_non-free_i18n_Translation-en.bz2 Read error (-5: DATA_ERROR_MAGIC)
E: Some index files failed to download. They have been ignored, or old ones used instead.
A atualização em execução novamente me deu o mesmo erro de antes ...
Ign:13 http://security.debian.org stretch/updates/non-free Translation-en
Ign:12 http://security.debian.org stretch/updates/non-free amd64 Packages
Err:13 http://security.debian.org stretch/updates/non-free Translation-en
Could not open file /var/lib/apt/lists/partial/security.debian.org_dists_stretch_updates_non-free_i18n_Translation-en.bz2 - open (13: Permission denied) [IP: 195.20.242.89 80]
Ign:12 http://security.debian.org stretch/updates/non-free amd64 Packages
Fetched 62.9 kB in 1s (43.0 kB/s)
Reading package lists... Done
E: Failed to fetch http://security.debian.org/dists/stretch/updates/non-free/i18n/Translation-en Could not open file /var/lib/apt/lists/partial/security.debian.org_dists_stretch_updates_non-free_i18n_Translation-en.bz2 - open (13: Permission denied) [IP: 195.20.242.89 80]
E: Some index files failed to download. They have been ignored, or old ones used instead.
Aqui está a entrada de diretório para o meu diretório "parcial", as permissões são as mesmas para todos os outros?
drwx------ 2 _apt root 16384 Aug 5 15:41 partial
Obrigado novamente pela ajuda.