Tente isto:
$ awk '!NF{next} FNR==NR{a[FNR]=$1;next};{print $1==a[FNR] ? 1 : 0}' file1 file2
1
0
1
0
Explicação
-
!NF{next}
: não precisamos de linhas em branco, pule-a. -
FNR==NR{a[FNR]=$1;next}
: enquanto processamosfile1
, salvamos seu primeiro campo em array associativo, com index é o número da linha. -
{print $1==a[FNR] ? 1 : 0}
: enquanto processamosfile2
, verificamos se o primeiro valor do campo é igual ao valorfile1
correspondente, que foi salvo na matriz associativaa
. Se sim imprimir 1, imprima 0.