Ou é binário ou não é. No caso em que sua coisa realmente não é binária, mas apenas um texto complicado, aqui estão algumas soluções.
Primeiro, muitas distribuições do Linux vêm com um utilitário chamado dos2unix
que você pode executar em um arquivo para converter o estilo de término de linha:
$ dos2unix original_file converted_file
Você também pode fazer isso com tr
da seguinte forma:
$ tr -d '\r' < orignal_file > converted_file
Ou com o perl:
$ perl -pne 's/\r$//g' < orignal_file > converted_file