Eu não sei como fazer com que o alias funcione dentro do CVS, mas o que você pode fazer é escrever um script que invoque o vim da maneira que você quiser.
O script seria simplesmente:
#!/bin/sh
vim -S ~/myscript.vim "$@"
E, em seguida, salve-o em algum lugar em $PATH com o nome rvim my-vim (por exemplo, /usr/local/bin/my-vim ), e você poderá usar my-vim como comando tanto em sua linha de comando e de dentro do CVS.
Se você não quiser colocar o script em um diretório global em seu sistema ou não tiver direitos, crie $HOME/bin , coloque o script lá e adicione-o ao seu $PATH .