No cenário mais simples em que cada distribuição tem sua própria partição e tudo que é necessário para o sistema ser executado dentro dessa partição (você não tem partições separadas para /usr , por exemplo), é possível fazer isso com chroot :
Eu suponho que você tenha as partições montadas em algum lugar, digamos que elas estejam em /Debian e /Fedora . Configurar um ambiente chroot :
sudo chroot /Debian
Isso o levará para /Debian , executando um shell que pensa que você é root e está executando o sistema Debian instalado. Neste ponto, você pode usar apt-get como faria normalmente. Quando terminar, você poderá retornar à sua sessão executando exit .
Isso deve funcionar perfeitamente para o gerenciamento simples de software, mas eu não executaria grandes atualizações ou alterações em pacotes importantes dessa maneira.