Você recebe este erro se ~/.emacs.d
existe, mas não é um diretório legível pelo seu usuário. A partir da saída parcial de ls -la ~/.emacs.d
que você forneceu, parece que, de alguma forma, você conseguiu obter um diretório .emacs.d
no diretório inicial do usuário que é de propriedade do root e não tem permissão para o usuário.
Você poderia tentar (como root)
chown -R user:yourgroup /home/user/.emacs.d
onde user
é seu nome de usuário e yourgroup
é o grupo principal do usuário.