Não é particularmente elegante, mas você pode executar o comando de cópia e, em seguida, executar um loop com pausa para, digamos, 3 minutos a cada 20 minutos:
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Inicie seu comando de cópia em segundo plano
cp -r /path/to/dir /path/to/external/drive &
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Execute este loop que irá parar / reiniciá-lo:
while ps -p $! >/dev/null; do kill -SIGCONT $!; sleep 20m; kill -s SIGSTOP $!; sleep 3m; done