Você pode usar o utilitário rename
com as expressões regulares apropriadas.
Supondo que a transformação seja:
nondigits digits underscore nondots dot anything
into
nondots atsign digits nondigits dot anything
o comando seria:
$ prename -n 's/([^\d]*)(\d*)_([^.]*)\.(.*)$/$3\@$2$1.$4/' *
O último *
expande-o para aplicar a todos os arquivos correspondidos por esse glob e a opção -n
faz com que ele apenas simule a operação de renomeação para que você possa verificar se faz o que deseja.