Encontrei esse problema quando acidentalmente excluí meu arquivo ~/.bashrc . Alterar as preferências de perfil, conforme indicado no comentário acima, não funcionou. Como perdi completamente meu arquivo ~/.bashrc , simplesmente copiei /etc/skel/.bashrc para ~/.bashrc . Depois de um logout e login, minhas cores de terminal voltaram ao normal.
Também é possível ver /etc/skel/.bashrc para ver se falta alguma coisa relacionada a cor no arquivo ~/.bashrc .
Isso pode não ser a solução para o problema exato do OP, mas espero que ajude alguém.