O arquivo sources.list é na verdade vários arquivos : /etc/apt/sources.list e arquivos chamados something.list no diretório /etc/apt/sources.list.d .
Esta mensagem informa que você tem entradas duplicadas nesses arquivos: você tem várias linhas apontando para a mesma fonte. Este é um aviso: não é errado por si só, mas indica que sua configuração provavelmente não está correta. Procure linhas começando com deb http://http.us.debian.org/debian wheezy nos arquivos que mencionei acima. Você tem várias dessas linhas contendo contrib e non-free . Remova as linhas redundantes ou corrija-as se você quisesse que elas apontassem para outra coisa.