FWIW, uma coisa semelhante aconteceu comigo. Eu tenho Lubuntu 15.10 e a coisa de ícone de painel múltiplo aconteceu a mim com AutoKey.
IIRC, o jeito que eu me livrei disso foi fazer um
Ctrl + Alt + T
para abrir o Terminal.
Então eu digitei
lxpanelctl restart
para reiniciar o painel.
Depois disso, nunca mais aconteceu.